Les maladies somatiques chroniques les plus fréquentes chez les personnes qui suivent un TAO sont les suivantes : hépatite C chronique (prévalence env. 40%),BPCO (env. 30%, le plus souvent après 40 ans) ainsi que les troubles hormonaux, en particulier les hormones sexuelles (hypogonadisme) ayant pour conséquences des limitations fonctionnelles des organes sexuels et l'ostéoporose. Le risque de fracture sur 10 ans pour une personne atteinte d’ostéoporose peut par exemple être évalué grâce à l’outil FRAX®. Il est ainsi indiqué de procéder à des examens réguliers sur les comorbidités somatiques et d'envisager les thérapies correspondantes.
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